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栽培季节安排不当一是芝棒制作及接种期安排过晚（如2月以后），如春季突遇高温天气，发菌棚内温度达到40弋以上,极易“烧菌”，菌丝生理活动受到限制并逐渐死亡，各种杂菌趁机感染。二是芝棒制作及接种期安排过早（如11月以前），接种期间气温高，杂菌活跃，菌棒易感染。芝场环境污染主要是上年度染杂菌袋和出过芝的老袋以及当年污染的菌袋在房前、屋后、马路边、芝场旁边晾晒，没有及时清理销毁，致使大量霉菌孢子在空气中飞扬，造成环境污染。段木基质变质主要是装袋时气温较高，装袋后放置时间过长，没有及时灭菌；料袋灭菌时升温时间过长；段木基质水份含量过大，均可造成段木基质变性发酸等。
我国是世界上三大锻木（原木）灵芝产区之一（另有韩国、日本），产量占世界总产量的50%以上。浙江从1989年开始灵芝人工栽培试验并取得成功，1992年农民利用纯锻木仿生法大规模栽培灵芝，产业化经营至2007年，平均每年锻木投放量3000立方米（高时达7000立方米），年产干灵芝150吨，占全国总量的四分之一。2008年以来浙江省中药产业协会将灵芝重点扶持产业，市场上灵芝产品越来越多，包括灵芝子实体、抱子粉、菌丝体为主要成分的和药品，广泛应用于肿瘤、冠心病、心绞痛、高脂血症、高血压病、、慢性支气管炎和哮喘、神经衰弱、肝炎等。但国内外灵芝药材及其产品均无系统的质量控制体系，对灵芝及其产品质量的控制大多都停留在主要活性成分定性评价的水平上，灵芝品种使用也是几十年一成不变，单一品种的重复使用，菌种种性退化明显，与“、有效、稳定、可控叩勺中药现代化、国际化要求存在相当差距，建立灵芝功效成分定性与定量结合的评价方法，控制灵芝及其产品质量，对灵芝产业可持续发展具有重要意义。
河南驻马店市近几年研究段木熟料栽培灵芝，其产品质量可靠，效益较好。2009年至2010年度，有部分芝农，因前期发菌、芝棒下地等技术环节管理不到位及春季天气温度低等方面的原因，芝棒污染严重，造成了资源浪费及经济损失，个别地方因此产生菌种质量纠纷，影响着灵芝产业的发展。对此，笔者对我市灵芝主产区的芝棒污染原因进行了专门的调查研究，并提出了相应的措施。污染原因芝棒污染的根本原因是竞争性杂菌入侵感染，芝棒大范围污染事件多发生在灵芝栽培老产区，其污染原因归纳起来主要有以下几个方面：栽培品种抗逆性减弱抗逆性减弱是品种种性退化的一个表现，这是芝棒污染的内因。菌种不合格主要表现为栽培种带有杂菌；菌龄过长，菌种老化，萌发力差，吃料慢，菌丝弱，接种后封面时间长；高温、变温培养的菌种，菌丝纤细无力，扩展缓慢。
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