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防治措施针对芝棒污染原因和引发途径，生产上，要掌握灵芝品种的特征特性，提供适宜其生长的环境条件，规范操作，并贯彻为主的方针，避免或减少芝棒感染杂菌。选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮选用抗病性强、生活力强、高纯度的菌种进行接种。经多年试验示范，以采收子实体为主的菌株“日本赤灵芝”，采芝、收粉兼用型菌株“黄山8号”两个优良菌株较适宜我省气候特点及段木熟料灵芝栽培模式，由于栽培多年，该两个品种有退化趋势，需进行提纯复壮。科学安排栽培季节根据中原地区气候特点，短段木灵芝菌棒制作期选在11月上旬至翌年2月上旬为宜，在此时段内，为让菌丝有足够的发菌时间，宜利用当地气候资源，提早制作菌棒。
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袋栽与瓶栽过程相似，只是采用聚乙烯或聚氯乙烯塑料袋，装至离袋口约10cm处，收拢袋口，套塑料套环，加棉塞。灭菌，在无菌条件下接种培养。当菌丝长到袋的1/2左右时拔去棉塞和套环，露出料面，让其出芝。注意不要过早打开袋口，以免菌丝干涸而影响子实体发生。段木栽培选择栎树、榆树、桦木等阔叶树种，树龄7~10年，树径6~15cm。砍伐截段伐树在落叶后至翌年萌芽前进行，砍伐时不要损伤树皮。接种前锯成段，浸水12?15h，增加含水量，以利发菌。打孔接种用皮带冲安装在接种锤上打孔，直径约9.6?10mm，随即用接种枪接入菌种，然后用树皮盖封穴，接种选晴天进行，做到边打孔，边接种，边封穴。
种植流程截椴装袋将原材截成30cm长的短椴木，直径超过20cm者，辟开材树皮朝外，用利刀修光断面、枝叉面，以免剌破袋膜，引起感染杂菌，将木材装入40x65cm规格的0.005厚的低压聚乙烯袋内，每袋装3---6段，用绳子扎紧袋口。蒸汽灭菌将菌袋按排叠放，排间留有20厘米的空隙，采用一层横排一层竖排“井”字形叠放，排放好底层覆盖农膜，外层再盖一层彩条布，四周用沙袋将农膜及彩条布压实，防止漏气。当温度达到100T后，持续10h不间断加热，灭菌结束后，闷3—5h，等灶内温度下降到60T以下，取出菌袋放入接种棚内。菌袋接种汉中多采用开放式接种，一般在1月下旬进行，先将菌种足量放入棚内（按每袋菌棒0.25kg），再用二氯异尿酸钠消毒粉（保菇灵）进行棚内灭菌，30x4mx2.5m大棚用量为20包，灭菌4—5h。接种人员进入时用酒精喷雾灭菌，8人为一组，日接种20t，采用两端断面接种，先脱袋接种袋底菌种，再接种袋口，每袋用种0.2-0.25kg。
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